ابحاث، این اثر که موجب شورش مردم و ایراد اتهام بر ابن‌کمّونه شد. نسخ متعددی از این کتاب وجود دارد و نیز در 1967م به تصحیح موشه پرلمان در لوس‌آنجلس به چاپ رسید. کتاب تنقیح الابحاث نمودار عقاید کلامی ابن‌کمّونه است. این کتاب شامل چهار باب با عناوین نبوت به طور عام، نبوت موسی، نبوی عیسی و نبوت محمد صلی الله علیه و آله است، برای مثال او می‌گوید دایر? ادراک و عقل محدود و مقام نبوت فراتر از آن است و از این روست که مردم سخنان پیامبران را باور ندارند. وی 3 خصلت برای پیامبر شمرده است: الف – قوت نفسانی او را خاصیتی باشد که بتواند در نفوس دیگران و نیز عام? جهان تأثیر کند و صورتی را زایل گرداند و صورتی دیگر ایجاد نماید. ب – قو? نظری (عقل نظری) او چنان صافی باشد که بتواند هم? دانش‌ها را از مبدأ فیض دریابد. ج – در خواب و بیداری از امور غیبی آگاهی یابد، بدان سان که تردیدی در صحت آن‌ها روا ندارد. برخی از پیامبران هر 3 خصلت را دارند و برخی 2 خصلت و بعضی دیگر یکی از آن 3 را. در بخش مربوط به‌یهودیت، اعتراضات وارد برآن را به طور خلاصه و پاسخ به آن‌ها را مفصل بیان کرده، امّا در ابواب سوم و چهارم عکس این روش را پیش گرفته است، یعنی ایرادات را به تفصیل آورده و پاسخ‌ها را به اجمال بیان داشته است. برخی از ایرادات متوجّه انجیل و قرآن است و گویا همین معنی سبب شده که او را ملحد بخوانند. بر این کتاب ردیه‌هایی نوشته شده است، از جمله: ردّ تنقیح الملل الثلاث، اثر حکیم مؤیدالدین سموئیل، دیگری الدر المنضود فی الرد علی فیلسوف الیهود، اثر ابن ساعاتی و نیز نهوض حثیث النهود الی دحوض خبیث الیهود، اثر شیخ زین‌الدین ابن محمد ملطی شافعی (همانجا). از این ردیه‌ها معلوم می‌شود که ابن‌کمّونه را یهودی دانسته‌اند و به همین سبب برخی او را فیلسوف یهود لقب داده‌اند.
2. ملتقط تلخیص‌المحصل، که منتخبی‌است ازاثرخواجه‌نصیرالدین طوسی که به خط ابن‌کمّونه نوشته شده و تاریخ کتابت آن 670ق است.
3 . الملتقط من کتاب زبد? النقض و لباب الکشف، در شرح اشارات ابن‌سینا و نقض و ایراد بر او که اصل آن از نجم‌الدین احمد بن ابوبکر بن محمد نخجوانی است و ابن‌کمّونه آن را خلاصه کرده است. رساله‌های دیگری نیز با عنوان “ملتقط” از ابن‌کمّونه یاد شده است.
4. التنقیحات فی شرح التلویحات، که شرحی است بر تلویحات شهاب‌الدین سهروردی. گویا شهرزوری صاحب کتاب نزه? الارواح نیز شرحی به همین نام بر تلویحات داشته است. شارح (ابن‌کمّونه) در مقدم? کتاب پس از ستایش پروردگار و درود بر پیامبر اسلام و خاندان او، گوید چون تلویحات بسیار موجز بود، گروهی از بزرگان از من خواستند که پیچیدگی‌های این کتاب را روشن کنم و من با شتاب، خواست آنان را اجابت کردم، ولی فرصت نیافتم که آن را مجدداً بررسی کنم. کتاب شامل دو بخش منطق و طبیعیات است و صفحه ای از باب الهیات را نیز دارد. شرح ابن‌کمّونه بر باب منطق کتاب تلویحات نسبتاً مفصل است و در بحث دلالت‌ها نکات جالبی مطرح کرده است. در باب اجزاء علوم دینی مبادی و موضوع و مسائل، تحقیق دقیقی دارد و به نظر می‌رسد که از ابن‌سینا در این باب استفاده کرده است. در بخش طبیعیات جواهر افراد را مورد بررسی قرار داده و در ابطال ترکیب اجسام از ذرات اصرار ورزیده است.

5. الجدید فی الحکمه، که در 1403ق به کوشش حمید و عید الکبیسی در بغداد به چاپ رسیده است و حاوی مسائل عمومی فلسفه است. این کتاب دارای 290 صفحه و یک دوره کامل منطق، طبیعیات و الهیات است. کتاب در بر دارند? هفت باب است و هر باب از هفت فصل تشکیل شده است.
6. المطالب المهمه من علم الحکمه. اثری کوتاه با سه فصل و هر فصل شامل سه بحث که در سال 657 ق نوشته شده است.
7. رساله‌های مستقل کوتاه با عناوین الکاشف فی الحکمه، فلسفه ابن‌کمّونه، کتاب فی المنطق و الطبیعیات. کتاب فی الکلام و الفلسفه که از 21 تا 30 ذی القعده 679 ق نوشته شده است. (رجوع کنید به . دائره المعارف بزرگ اسلامی. سجادی، مدخل ابن‌کمّونه، ج4، ص526 )
فصل دوم:
پیشینه شبهه
شبه? تعدد واجب الوجود به ابن‌کمّونه منسوب است. وی در کتاب الجدید فی الحکمه این شبهه را مطرح کرده است و بدان پاسخ داده است. امّا آانچنان که از اشارات دیگر فلاسفه پیداست این شبهه در آثار دانشمندان قبل از او نیز وجود دارد. شاید انتساب این شبهه به او، بخاطرشرح آثار اندیشمندان بزرگی همچون ابن‌سینا و سهروردی و شهرت وی به طرح شبهات است.
1. علامه حسن زاده آملی با استناد به‌یک نسخ? خطی از اسفار که در حاشی? آن عبارت “قیل هذه الشبهه لأبرقلس تلمیذ افلاطون” آورده شده ابرقلس را از افرادی می‌داند که از قبل این شبهه را وارد کرده‌اند. (حسن زاده آملی، وحدت از دیدگاه عارف و حکیم، ص 104)
2. برخی این شبهه را دارای ریشه ایرانی می‌دانند که در مقابل دلیل مشاییان بر وحدت واجب الوجود یعنی ترکیب مطرح شده است. (منزوی، کتاب ماه فلسفه، زندگی و آثار ابن‌کمّونه، ص 16)
3. محقق دوانی در شواکل الحور، ضمن طرح برهان مشائیان بر وحدت واجب الوجود و اینکه اگر واجب الوجود متعدد باشد محذور ترکیب پیش خواهد آمد، دلیل طرح این شبهه توسط ابن‌کمّونه را توجّه مشائیان به اشتراک ذاتی واجب الوجودها و غفلت از این مطلب که وجوب وجود می‌تواند خارج از ذات و عرض عام آن‌ها باشد می‌داند.
و به همین دلیل ابن‌کمّونه در بعضی از نوشته‌های خویش می‌گوید: این برهان محال بودن دو واجب الوجود مشترک در یک ماهیت را باطل می‌کند، ولکن عقل وجود دو واجب الوجود که هر کدام متفاوت از دیگری و نوع منحصر در فرد باشد و تنها در وجوب وجود مشترک باشند را جائز می‌شمارد. (محقق دوانی، شواکل الحور فی شرح هیاکل النور، ص 166) {2}
4. در مقابل، گروهی ثنویت را نقطه آغاز این شبهه می‌دانند. از آنجا که برخی به فلسفه اضداد اعتقاد داشتند و وجود ضدین را پایه و اساس هر چیزی قلمداد می‌کردند؛ خیر و شر، نور و ظلمت را سنگ بنای فلسفه خویش قرار دادند و این خود می‌تواند سر چشمه خوبی برای طرح دو خدای شبیه به هم باشد.
به درستی که دو مبداء وجود دارد، یکی نور و دیگری ظلمت. نور در اعلی علیین و ظلمت در پایین‌ترین پایینی قرار دارد. نور خالص و ظلمت محض، همانند تاریکی و خورشید که با یکدیگر ترکیب شده و از این ترکیب عالم به وجود آمده است. (مقدسی، البدء و التاریخ، ج1، ص 142) {3}
اخوان الصفا دربار? انگیز? اعتقاد به دو اصل چنین گفته‌اند: “طایفه ای به دو فاعل معتقد است که یکی نور و دیگری ظلمت شریر است و این رأی زردشت و مانی و پیروان آن‌ها و بعضی از فلاسفه است.” (اخوان الصفا، رسایل اخوان الصفا، ج 3، ص 201) نقل شده که مانویان معتقدند که نور و ظلمت هر دو قدیم وابدی هستند.
“اصل عالم نور و ظلمت است، هر دو جسمی قدیم هستند که همیشه بوده‌اند و خواهند بود. سمیع و بصیر هستند و در صورت مخالف یکدیگرند. نور بالاتر از ظلمت قرار دارد و عالم مرکبی حاصل از امتزاج میان آن‌هاست.” (آمدی، ابکار الافکار، ج 2، ص 276) {4}
شاید بتوان گفت که اصل و شاکل? این شبهه دارای زمینه‌ای مشترک در میان جهان شناسی مغان ایرانی و ثنویت آن‌ها از یک جهت و از طرف دیگر قائلان به اصالت وجود در فلسفه مشاء است. باورهای فلسفه مغان تحولی در اعتقاد به چند خدا داشتن پدید آورد. در فلسفه مشاء نیز اصالت با وجود است در حالی که وجودات متباین به تمام ذات هستند و هریک متفاوت از دیگری است. در این مکتب فلسفی تنها اشتراک موجودات در مفهوم وجود است، به عبارت دیگر جهت مشترک آن‌ها مفهوم عرضی وجود است.
” در میان احادیث نیز روایاتی دیده می‌شود که تا حد زیادی شبیه به شبهه ابن‌کمّونه هستند، از جمله آن‌ها حدیثی است، که موسوم به حدیث فرجه است. شیخ کلینی در کتاب کافی این حدیث را در باب “الرد علی الثنویه و زنادقه” ذکر می‌کند.” (کلینی، الکافی، ج 1، ص 80) با توجّه به متن حدیث و جواب آن در پرسش یک زندیق می‌توان این حدیث را گواهی بر مقصود امام در اثبات توحید ربوبی پروردگار و یک جواب مناسب برای شبهه ابن‌کمّونه دانست که در ادامه به شرح و تفصیل بیان می‌گردد.2
5. آقا بزرگ تهرانی می‌گوید جد ابن‌کمّونه “هبه الله” واضع این شبهه است. (آقا بزرگ، الذریعه، ج 13، ص 24-25) برخی به این دلیل که آموزه‌های اصلی آئین یهودیت برمبنای توحید ذاتی پروردگار بنا شده است انتساب این شبهه به یهودیت را بعید دانسته‌اند.
فرمان دوم از ده فرمان دربار? توحید ذاتی پروردگار این چنین می‌گوید: “تو را خدایان دیگر غیر ا